倭河马体长1.5-1.75米，肩高75-83厘米，尾长15-20厘米，体重约160-270千克，体重比河马要小要7-8倍。躯体庞大而拙笨，四肢特别短，有一个粗硕的头和一张特别大的嘴，眼睛、鼻孔、耳壳等都生在面部的上端，几乎在同一个平面上。
虽然倭河马和河马血缘关系非常接近，但是二者之间还是存在许多明显不同：倭河马的头较圆较短；双眼和也不像河马那样长在头顶而且并不突出，所以倭河马在对水中生活的适应性不如河马。倭河马的背部呈拱形，不像河马那么平，这有利于它们在密林中穿行。倭河马的脚比较窄，但脚趾分得很开，脚趾间连接的皮肤少，适合在泥泞的雨林中行走。倭河马嘴里只有一对上门齿而河马有两对。倭河马的皮肤黢黑锃亮，不像河马那样带有明显的红褐色。不过倭河马也像河马那样能分泌特殊的“血汗”来防止皮肤干裂，所以有时面颊也会呈粉红色。